وسيقام المتحف ليضم أثار إخناتون و مشروع المتحف يتضمن إقامة مبنى رئيسي على شكل هرم يتكون من خمسة طوابق مخصصة لقاعات العرض المتحفي ومدرسة للترميم ومنطقة للعروض المفتوحة ومبنى أدارى ومعرض لبيع الكتب والهدايا إضافة إلى مرسى سياحي لاستقبال السفن ومتحف مكشوف.