إن ثبات وجودة البيئة من أهم عوامل حماية الأسماك من الأمراض، حيث أن بعض الأسماك تكون أكثر حساسية لعوامل البيئة التي تعيش فيها من حيث حدوث نقص أو خلل في الخواص الطبيعية أو الكيماوية للماء كنقص الأكسجين أو ارتفاع معدلات الحموضة أو القلوية أو وجود ملوثات تؤثر على نمو وحياة الأسماك، حيث تعيش الأسماك في حالة من التوازن بين عناصر البيئة وفى حالة حدوث أي خلل في هذا الاتزان البيئي للمياه يحدث المرض والعدوى للأسماك .

ومن العوامل الرئيسية التي تساعد على توازن البيئة الطبيعية:

1- التغذية :

يمكن للأسماك في البيئة الطبيعية المتوازنة القيام بعملية انتفاء للغذاء المناسب الذي تحتاج إليه، وذلك على عكس المزارع السمكية، حيث يعمل المربى على توفير هذه الاحتياجات عن طريق ما يعرف بالتغذية المكملة، وأي نقص أو زيادة في هذه الاحتياجات أو اختلاف في النوعية يؤدي إلى خلل وبالتالي لمرض للأسماك .

ومن الجدير بالذكر أن أفضل البروتينات التي تضاف للعليقة، هو ما كان من مسحوق السمك، إلا أن معامَلات هضم مساحيق الأسماك تختلف فيما بينها، بل إن معاملة بعض المساحيق بحرارة مرتفعة تسبب زيادة نسبة نفوق السمك وأمراض الكبد .

كما وجد أن إضافة مخلفات المجازر من دهون الخنازير ولحوم ودهون البقر غير ملائمة للأسماك النهرية، حيث تؤدى لإتلاف الكبد، ويتسبب زيادة بروتين العليقة عن (44% ) إلى الإصابة بالكبد الدهني في أصناف البلطي الأخضر، بينما يؤدى انخفاضه لظهور أعراض قد تؤدى لنفوق أسماك البلطي الموزمبيقي.

2- درجة الحرارة:

من المعروف أن لكل صنف من الأسماك مدى معين من درجات الحرارة تعيش فيه وأن أي تغير أو تجاوز لهذا المدى يؤدي لحدوث خلل في سلوكها ووفاتها لعدم قدرتها على أقلمة جسمها مع درجات الحرارة المختلفة للمياه، فعلى سبيل المثال فإن نقل زريعة الأسماك من بيئة مائية مختلفة الحرارة عن البيئة الجديدة في أحواض التحضين بشكل مباشر ودون مراعاة للتدرج، قد يؤدي إلى حدوث صدمة عصبية تسبب موتها جميعا .

3- توافر الأكسجين:

تتنفس الأسماك الأكسجين الذائب في الماء وتطرد ثاني أكسيد الكربون، وقد يؤدى انخفاض نسبة الأكسجين وارتفاع نسبة ثاني أكسيد الكربون لتسمم الأسماك، ويمكن التخلص من ذلك بإيجاد النباتات الدقيقة (البلانكتون) مما يساعد على إيجاد التوازن الطبيعي المطلوب داخل المياه نتيجة قيامه بعملية التمثيل الضوئي، ويلاحظ أن النباتات تستهلك الأكسجين ليلاً مع الأسماك حتى تنخفض نسبة الأكسجين في المياه في الفترة الأخيرة من الليل، ويستدعي ذلك عدم زيادة الكائنات النباتية بصورة أكثر من اللازم والتي يمكن حسابها عن طريق أقراص الشفافية .

4- التلوث:

يعد التلوث أخطر المسببات التي تؤدى لإصابة الأسماك بالأمراض، وخاصة في حال الاعتماد على مصادر المياه التي تصب فيها المصانع عوادمها أو مخلفات الصرف الصحي، كما يعد الصرف الزراعي وما تحمله مياهه من مبيدات من مسببات الأمراض نفسها .

ويمكن تقسيم الملوثات إلى ثلاث فئات :

أ – الملوثات السامة والمثبطة : التيارات الحرارية، العناصر الدقيقة غير الضرورية للحياة كالكروم والنيكل والزئبق والرصاص والألومنيوم والتياتينوم والكلور الحر والسيانيد والفوسفور العنصري، أو زيادة مستوى العناصر الدقيقة الحيوية كالحديد والمنجنيز والزنك والنحاس والملوبيديوم، بعض مركبات الزيوت المعدنية أو مشتقاتها، الفينولات والمنظفات والهيدروكربونات المكلورة، زيادة مستوى النيتريتات والأمونيا وكبرتيد الهيدروجين، المستويات العالية من الأحماض والقلويات .

ب – الملوثات الغنية : وتطلق على كل ما يزيد المستوى العادي من المغذيات كالأمونيا والنيترات والنيتريت والفوسفات، والمواد العضوية كالفيتامينات والهرمونات النباتية، مياه صرف المزارع .

ج _ أراض غروية: تعيق المادة الغروية وصول الضوء إلى القاع، كما يعيق عمل الخياشيم وأعضاء الترشيح، ومن أهم مصادرها أكوام الروث من محطات المجارى ومخلفات محطات المعالجة المائية، عمليات التعدين على الشواطئ وتحت الماء .