تجمع ثمار الشمر قبل تمام النضج شأنها شأن باقي الحبوب العطرية وذلك حتي لايحدث فرط للبذرة ويتم قرط النباتات فوق سطح التربة وتنقل إلي الأجران النظيفة لاستكمال جفاف البذور ثم تدرس أو تدق وتغربل وتعبأ. ويعطي الفدان 750 – 1000كجم بذور جافة, يتم الحصاد خلال شهري مايو ويونيو.