البطيخ معرض للإصابة بمرض عفن الريزوبس الطري والعفن القمي للثمرة والذبول البكتيري وذبول فرتسليم والذبول الفيوزارمي والبياض الزغبي والبياض الدقيق والندوة والانثراكنوز والعفن الأسود والديدان الثعبانية والمن وخنفثاء القثاء والحمراء وبقة ورق البطيخ والحفار وذبابة المقات ودودة ورق القطن والنطاط والذبابة البيضاء واكاروس العنكبوت الأحمر .