ذبول الكمون
ويسببه فطر Fusarium oxysporum spويصاب المحصول بشدة بهذا المرض ويمكن للفطر أن يهاجم النبات في أي مرحلة من مراحل النمو حيث تذبل النباتات المصابة وتموت, وهناك صعوبة في مقاومة هذا المرض ولكن يمكن تقليل الإصابة عن طريق زراعة بذرة غير مصابة وخالية من المرض ومعاملة البذرة بالمطهرات الفطرية مثل التوبسن بمعدل 4جم/كجم بذرة قبل الزراعة. كما يمكن اتباع دورة زراعية طويلة وبالتالي لايحدث تكرار لزراعته .
كما أن خدمة الأرض قبل الزراعة وإضافة من 50 – 100كجم كبريت زراعي يمكن أن يكون له أثر في مقاومة المرض .
البياض الدقيقي
ويسببه فطر Erysiphe polygoni:وفي ظروف الإصابة الشديدة يصبح لون النبات أبيض ويؤثر ذلك علي محصول البذرة .
اللفحة
ويسببه فطرAlternaria burnsiiوتظهر علي أوراق النباتات النباتات المصابة مناطق بنية غامقة ويحدث ميل لاسفل للسيقان والقمم النامية وتنتشر الإصابة بسرعة إذا كان الطقس ملبدا بالسحب, ويصبح من الصعوبة إجراء العلاج في مرحلة العدوي المتقدمة .
الحشائش
أخطر أنواع الحشائش علي نبات الكمون:
الكمون الدكر أو نبات البلانتاجو وهذا النوع من الحشائش يؤدي إلي تدهور المحصول ويجب العناية بإزالته أو تقليعه بمجرد ظهوره حيث إنه مميز مورفولوجيا عن نبات الكمون كالتالي: - الكمون تفريعه متبادل ويتبع العائلة الخيمية بينما البلانتاجو أو الكمون الدكر فتفريعه متقابل والنورة داسيمية رأسية تشبه نورة البرسيم البلدي .
ويجب التنبيه بضرورة إزالة هذه الحشائش بمجرد ظهورها حتي لاتنمو وتكون بذور تؤخذ أثناء الحصاد وتختلط ببذور الكمون .
وفي شهر يناير توضع المصائد الورقية الصفراء الللاصقة بارتفاع النبات في مستوي طيران الحشرات وبالكثافات المناسبة بمعدل 25 – 30 مصيدة للفدان لتقليل الإصابات الحشرية خاصة الحشرات الثاقبة الماصة .
حشرة المن
ويمكن استخدام الطرق الحيوية باستعمال بعض البكتيريا التي تعيش علي حشرة المن وتسبب هلاكه .