تتعرض المخللات لعدة أنواع من الفساد ويمكن إيجازها فيما يلي:

1- هري المخللات أو طراوتها
وهذا بسبب نشاط الإنزيمات البكتينية على البروتوبكتين وتحويله من الحالة غير الذاتية إلى الحالة الذائبة ويمكن منع ذلك عن طريق إضافة كلوريد كالسيوم بنسبة 0.5% لمنع الهري عن طريق تكون بكتات كالسيوم.

2- نمو الميكودرما:
وهي غشاء من الخمائر الكاذبة أبيض اللون تنمو على سطح المخلل حيث تستهلك حمض اللاكتيك وتحوله إلى ك أ2 وماء فتقل الحموضة ويسمح بنشاط البكتيريا الضارة ويمكن منع نمو هذه الخمائر الكاذبة عن طريق التغطية التامة ومنع وجود فراغ بين سطح المحلول الملحي والغطاء أو عن طريق وضع طبقة من الزيت على السطح.

3- الجيوب الغازية:
وهذه الظاهرة تظهر بوضوح خاصة عند تخليل الزيتون الأخضر، وترجع لنمو بعض أنواع من بكتيريا Bacillus والتي تشبه في خواصها الفسيولوجية جنس B. Coli حيث يؤدي تكاثرها إلى تولد غاز Co2 وتكوين جيوب غازية بالثمار ويرجع ذلك إلى تخزين الثمار في محاليل ملحية منخفضة التركيز ولعلاج هذه الحالة يرفع تركيز المحاليل الملحية إلى أكثر من 24 سالوميتر وإضافة 1% حامض خليك.

4- المخلل الأجوف:
ويرجع لعيوب وراثية في الخامات كما في الخيار أو لتكوين الغازات بواسطة الخمائر والبكتيريا واحتباسها داخل المخلل.

5- المخلل اللزج:
ويرجع لنشاط بعض أنواع البكتيريا على بكتين الجدر الخارجية للخامات وخصوصًا الخيار حيث ينمو عليه Bacillus Vulgatus ويكون مواد مخاطية ويقاوم تكاثرها بزيادة تركيز الملح أو المخلل بالمحاليل المستعملة.

6- اسوداد اللون:
بسبب تكوين غاز كبريتيد الهيدروجين وتفاعله مع الحديد (من الأواني أو التوابل) مكون كبريتيد حديد أسود اللون.

7- انكماش المخلل:
بسبب استخدام تركيزات عالية من الملح أو السكر أو الخل