يصيب الكمثري في مصر الآفات التالية : - أمراض اللفحات الكبترية – البياض – التشقق – التفحم التاجي . - حشرات حفار ساق التفاح – المن – الذبابة البيضاء – الحشرات القشرية . - آفات حيوانية أخرى : النيماتودا – الجرزان – الأكاروسات . أمراض نصيب التفاح : البياض – الجرب – التشقق – أعفان الجذور . الحشرات : حفار ساق التفاح – حفار التفاح – رائق الأجنحة – الجعال . المن – الذبابة البيضاء – حشرة التين الفنجانية – الحشرات القشرية . ويتم دراسة تاريخ وحياة هذه الآفات ومقاومتها في مقررات أخرى . أما من الناحية البستانية فننصح بتشجيع انتشار الكائنات التي تتطفل أو تفترس هذه الآفات واستخدام الطريقة المتكاملة لمقاومة الآفات مع الحد من استخدام المواد الكيماوية إلى أقل درجة ممكنة .