كما سبق ذكره النباتات تستخدم كفلتر حيوي للأسماك حيث تقوم بامتصاص الأمونيا الناتجة من مخلفات الأسماك وتحويلها إلى مركبات تصلح للتفاعلات حيوية داخلة واستخدامها في بناء أنسجته.

ولكي تقوم هذه النباتات بأداء هاذ الدور بكفاءة يجب أن يتوفر بهذه النباتات عدة شروط:

1.     يجب أن تكون من نوعية النباتات التي تتحمل زيادة الرطوبة والتي من الممكن أن تصل إلى النمو في تيار ماء مستمر NFT.
2.     يجب أن تتميز هذه النوعية بكثافة النمو الخضري حتى في المحاصيل الثمرية أو الجذرية فيفضل النوعية التي لها مجموع خضري كبير.
3.     يفضل أن تكون نوعية النباتات المستخدمة من نوعية النباتات قليلة الاحتياجات السمادية إلى حد ما.

عند اختيار أنواع النباتات لزراعتها مع تربية الأسماك يجب أن نطبق الشروط السابقة على النبات المختار بغض النظر عن الهدف من نوع النبات المستخدم.
فكلما توفر شرط أو أكثر من الشروط السابقة كلما زادت فرصة نجاح هذا النبات مع تربية الأسماك.

الأغراض التي يمكن أن تستخدم فيها النباتات النامية على مياه المزارع السمكية:

1.     غرض إنتاجي.
2.     اكتفاء ذاتي.
3.     منظر جمالي.

أولاً: الغرض الإنتاجي:
نحصل عليه في حالة المزارع السمكية الكبيرة التي نقوم فيها بعمل أحواض كبيرة في الأرض ونقوم بزراعة النباتات في المسافات البينية بين الأحواض.

ثانيًا: الاكتفاء الذاتي:
نحصل عليه في حالة عمل أحواض صغيرة فوق أسطح المنازل أو في الحدائق المنزلية الصغيرة.

ثالثًا: المنظر الجمالي:
نحصل عليه في حالة تربية الأسماك في المنازل سواء داخليًا أو خارجيًا مع استخدام أسماك الزينة الملونة أو أسماك الأكل العادية.

أنواع النباتات التي يمكن أن تستخدم مع نظام تربية الأسماك:

1.     نباتات الخضر.
2.     نباتات الزينة.
3.     النباتات الطبية والعطرية.

أولاً: نباتات الخضر:
يمكن زراعة بعض المحاصيل الورقية التي تنطبق عليها بعض الشروط السابق ذكرها من تحملها لزيادة الماء وقلة احتياجاتها السمادية وكثافة النمو الخضري. ومن أمثلة هذه النباتات الملوخية والسبانخ. مع ملاحظة تعويض نقص العناصر الصغرى في حالة ظهوره بالرش بالعناصر الصغرى ورقيًا. كذلك يمكن زراعة بعض المحاصيل الثمرية مثل الطماطم والكوسة. ومن أمثلة نباتات الخضر الجذرية التي يمكن أن تزرع مع الأسماك الفجل والبنجر.
النباتات السابقة يطبق عليها التقسيم السابق من حيث الغرض من الإنتاج فنجد أنه يمكن أن تنتج هذه النباتات تجاريًا أو بهدف الاكتفاء الذاتي.

ثانيًا: نباتات الزينة:
هناك بعض أنواع نباتات التزيين الداخلي التي يمكن أن تنمو بنجاح مع الأسماك وينطبق عليها الشروط السابق ذكرها. ومن أمثلة هذه النباتات البوتس والسنجونيوم والأجلونيما. وإذا طبقنا على هذه النوعيات التقسيم السابق من حيث الغرض من الإنتاج نجد أن هذه النوعيات يمكن أن تنطبق عليها الثلاث أغراض فيمكن ربط نظام الإنتاج السمكي في المزارع السمكية الكبيرة بصوت لإنتاج هذه النوعيات.
كما يمكن ربط نظام الإنتاج السمكي المصغر فوق السطح بنظام إنتاج مصغر لإنبات نباتات التزيين الداخلي بغرض الاكتفاء الذاتي.
كما يمكن الربط بين نباتات التزيين الداخلي وأنظمة تربية الأسماك داخل المنازل نفسها وذلك للحصول على المنظر الجمالي.
كما أن هناك بعض أنواع النباتات المحبة للشمس ينطبق عليها الشروط السابقة مثل نبات الكنا حيث إنه نبات نصف مائي قليل الاحتياجات السمادية وله مجموع خضري قوي فيمكن الربط بينه وبين الأنظمة السمكية في الحدائق المنزلية للعمل كفلتر حيوي وفي نفس الوقت الحصول على منظر جمالي رائع.
هناك بعض أنواع زهور القطف مثل نبات الكلا ينطبق عليه الشروط حيث أنه من أنواع الأبصال النصف مائية ويتحمل زيادة الرطوبة وينتج زهرة بيضاء قمعية جميلة الشكل تستخدم في عمل البوكيهات فيمكن ربط إنتاج هذا النوع من النباتات بمزارع الإنتاج السمكي بغرض الإنتاج التجاري وكذلك يمكن ربطها بأنظمة تربية الأسماك بالحدائق المنزلية بغرض الاكتفاء الذاتي لملء الزهريات أو للحصول على المنظر الجمالي.

ثالثًا: النباتات الطبية والعطرية:
أغلب أنواع النباتات الطبية والعطرية ينطبق عليها الشروط السابق ذكرها من حيث أنها نباتات عشبية ورقية وقليلة الاحتياجات السمادية ولكن يجب الاحتياط عند الربط بين هذه النوعيات والأنظمة السمكية وذلك من حيث درجة التحمل لزيادة الرطوبة فمن الممكن أن تتسبب زيادة الماء في حدوث ضرر لهذه الأنواع وعمومًا بعض الأنواع مثل النعناع واللافندر تتحمل زيادة الماء حتى درجة النمو في وسط مائي تمامًا وهناك بعض الأنواع التي تتحمل زيادة  الماء بدرجة متوسطة مثل الزعتر الأورجينو فمثل هذه الأنواع يمكن التعامل معها في نظام الري مثل التعامل مع النباتات السابقة أما باقي أنواع النباتات الطبية مثل الحصى لبان والبردقوش والزعتر البلدي فيمكن أن تزرع مع إدارة عملية الري واستخدام ضابط توقيت (TIMER) لعمل نظام ري متقطع في هذه الحالة يمكن زراعة هذه الأصناف بنجاح وذلك بسبب قلة الاحتياجات السمادية لهذه الأنواع.
ويجب مراعاة أن لا يكون هناك إفرازات لجذور هذه النباتات تضرب بالأسماك:

الخلاصة:

أيًا كان نوع النبات المنتج مع السمك وحتى لو انخفضت كمية إنتاجه إلى نصف كمية المنتج الكيماوي فإن القيمة الغذائية وجودة المنتج وخلوه من أي أثر للكيماويات أو الملوثات يجعله ذو قيمة اقتصادية كبيرة كمنتج نظيف.