أهم الآفات التي تصيب الجوافة هي البق الدقيقي والحشرات القشرية والمن وذبابة الفاكهة والأكاروس ويتبع في مقاومتها ما أتبع مع محاصيل الفاكهة مستديمة الخضرة الأخرى والتي تصاب بهذه الحشرات وتعتبر ذبابة الفاكهة والبق الدقيقي من أهم الآفات التي تعاني منها زراعات الجوافة .