يتبع الفلفل 4 أنواع يتميز كل منها كما يلى:
(Capsicum Annuum( var annuum
الأزهار مفردة عند كل عقدة - لون التويج أبيض وبعض الأنواع يكون لون التويج قرنفلى - عدد الكروموزومات 2ن = 24 .
يتبعه الصنف هانجريان واكس Hungarian Wax والصنف كاليفورنيا ووندر وكذلك معظم الأصناف التجارية الحلوة الطعم الطويلة أو المربعة ( الرومى ) .
Capsicum Fruetescenc
الأزهار مفردة عند كل عقدة - العنق قائمة - لون التويج أبيض يشوبه اللون الأخضر - لحم الثمرة ناعم - البذور غامق اللون - عدد الكروموزومات 2ن = 24 - يتبعه الصنف "تباسكو " .
Capsicum Chinense
الأزهار زوجية أو أكثر من 2 عند كل عقدة - عنق الزهرة قائم - لون التويج أخضر فاتح - وقد يكون أبيض أو قرنفلى - لحم الثمرة يتميز بتماسكه - البذور لونها عاجى - عدد الكروموزومات 2ن = 24 - يتبع هذا النوع أصناف الفلفل المكسيكىة والبرازيلية .
Capsicum Baccatum :( Capsicum Baccatum Pendulum )
الأزهار مفردة عند كل عقدة - عنق الزهرة قائم - لون التويج أخضر فاتح - لحم الثمار صلب - البذور لونها عاجى - عدد الكروموزومات 2ن = 24 - يتبعه الأصناف التى تنمو فى بيرو ( أمريكا الجنوبية ) .
شكـل ثمار الفلفـل
ويختلف شكل الثمار ويقع تحت هذه المجاميع
- ثمار طويلة ورفيعة محمولة على النبات قائمة .
- ثمار صغيرة حريفة جداً .
- ثمار طويلة قمعية الشكل محمولة على النباتات متدلية لأسفل كبيرة الحجم .
- ثمار مجعدة حريفة .
- ثمار غير مجعدة حريفة .
- ثمار مستديرة صغيرة حلوة للزينة فقط .
- ثمار قلبية الشكل حلوة الطعم لونها أصفر فاتح يميل للبياض صالحة للتخليل .
- ثمار مبططة حلوة - اللحم سميك - ذات مسكنين أو ثلاثة .
- ثمار مضلعة بها 3 غرف منها أصناف حلوة وأصناف حريفة .
- ثمار مربعة بها 4 مساكن حلوة الطعم ( معظم الأصناف التجارية (ما يطلق عليه فلفل رومى ) .
شكل ثمار الفلفل حسب النوع فى الحالة البرية شكل ثمار الفلفل حسب النوع فى الحالة البرية