عادة ما يظهر المرض في المخزن ولكن بشكل ملحوظ في الحقل في إحدى قرى مركز العدوة محافظة المنيا، وبلغت نسبته في الحقول المصابة من 10 – 20% مرة عام 1974م.

الفطر المسبب للمرض: Botrytis spp.

وقد عرف منها ثلاثة أنواع هي:
Botrytis allii mum B. bussoidea walker and B. squamosa walker

والفطر الواسع الانتشار في مصر هو Botrytis allii وميسليوم الفطر مقسم وتتكون الجراثيم الكونيدية البيضية الشكل الصغيرة الحجم على  الحوامل الجثومية في مجاميع طرفية أو جانبية على شكل عنقود، وعندما تنتشر الجراثيم في الهواء لا يمكنها اختراق حراشيف البصل الخارجية الجافة إلا إذا كانت مجروحة وذلك لأن الفطر ضعيف التطفل لذا يندر العثور على إصابة لهذا المرض وقت تقليع المحصول، والأجسام الحجرية لهاذ الفطر كبيرة الحجم غير منتظمة الشكل سوداء اللون، وتبدأ الإصابة غالبًا في الحقل حيث يصيب المرض عنق البصلة وتظهر الإصابة على هيئة بقع مائية بيضاء على الأوراق اللحمية تتحول إلى اللون البني وفي الجو الرطب يظهر لون رمادي عبارة عن نمو مثل اللباد على المناطق المصابة بالعفن وقد ينتشر الميسليوم للفطر بين الأوراق الحرشفية وقد تظهر الأجسام الحجرية في الأعضاء المصابة وفي بعض الأحيان بين الأوراق الحرشفية أما بالنسبة للثوم فتظهر الأعراض في الحقل في نهاية الموسم أو خلال التخزين، والنباتات التي تصاب في الحقل تبدو وكأنها متقزمة مع أوراق خارجية ميتة والأنسجة التي تظهر فيها بداية الإصابة تظهر وكأنها مائية ولكنها تجف في النهاية وتموت الأنسجة المصابة وتصبح البصلة (كالمومياء) وتتكون الأجسام الحجرية في عنق البصلة المصابة والأوراق الحرشفية المصابة، وفي البصل والثوم بداية الإصابة قد تكون ساكنة والأعراض تنتشر فقط عندما تصبح الأوراق مسنة وتتحلل الأنسجة ويصيب المرض البصلة كلها إذا كنت درجة الرطوبة عالية. ويصيب المرض الثوم والبصل والكرات الأندلسي ويبقى الفطر على أنسجة الأبصال الميتة وكذلك الثوم لمدة طويلة على صورة أجسام حجرية في التربة وتنبت الأجسام الحجرية في الجو الرطب معطية كونيديات تحمل في الهواء والتي تسقط على أنسجة النباتات السليمة وتنبت وتصيبها عند وجود الظروف الملائمة وهي درجات حرارة منخفضة (10-24م) ورطوبة عالية، والوقاية من المرض تتطلب منع الري في نهاية الموسم للبصل والثوم قبل تخزين البصل على درجة 5 ْم مع درجة رطوبة منخفضة وتهوية جيدة.

المقاومة:

(أولاً) مقاومة مرض عفن الرقبة في الحقل:

1.     التوقف عن ري البصل قبل التقليع بشهر.
2.     استخدام مادة السابونين ومعاملة الشتلات بمادة Sumisclex قبل الزراعة وإجراء عملية التسميط والفرز والتدخين  - كما سبق ذكره في مرض عقن القاعدة وتعطي مادة السابونين كفاءة قدرها 70% في مقاومة المرض.
3.     التقليع عند تمام النضج، وعدم قطع المجموع الخضري (العروش) عند العنق إلا بعد جفافه عند انتهاء فترة التسميط.
4.     إجراء العلاج التجفيفي (التسميط) لمدة 10 – 15 يومًا لإتمام قفل الأعناق.

(ثانيًا) مقاومة مرض عفن الرقبة في المخزن:

1.     تطهير أرضية المخزن بالكيروسين بمعدل 1 لتر لكل 4 لتر ماء.
2.     التخزين على درجة حرارة منخفضة وتهوية جيدة.
3.     التخزين في مخازن مظللة ضد أشعة الشمس والأمطار وجيدة التهوية.
4.     التخزين في مراود عرض 2 متر وارتفاع 70 سم وترص الشكاير على  عروق خشب حتى تسمح بالتهوية.
5.     مداومة الفرز واستبعاد الأبصال المصابة والمجروحة.